1、各領域發展不均衡
我國標準物質主要集中在鋼鐵、無機、工業材料等領域，在有機、生物、臨床以及新材料、新能源等一些重要發展領域內的標準物質則相對比較缺乏。
相關標準物質的研制相對滯后，不少產品不得不依靠進口標準物質滿足實驗室檢測要求。由于這些進口標準物質的生產者管理水平和技術能力不同，產品質量和量值準確性也不準確，還不乏國外試劑公司被當作標準物質公司的情況，難以確保我國測量結果的有效性和一致性。
2、管理上存在不協調現象
在標準物質應用方面，仍有使用沒有經過認證，無制造計量器具許可證、無標準物質證書的標準物質的現象，因此，加強標準物質法制管理的力度也是亟待解決的問題。
另外，標準物質使用者在日常工作過程中沒有嚴格按照標準物質證書上的要求貯存、使用標準物質，人為導致測量結果的偏差，因此需加強標準物質使用和管理的培訓力度。
3、市場存在低價競爭現象
部分領域，國產標準物質低價競爭導致利潤下降，生產廠家沒有更多的資金投入產品研發和高技術人才的培養的問題，極大地限制了我國標準物質的長期發展和創新。
